Das Coenzym Q 10 zählt zur Stoffklasse der Coenzyme Q (= Ubichinone). Bei dieser Stoffklasse handelt es sich um substituierte Benzochinonderivate. Sie besitzen eine isoprenoide Seitenkette in Position 2. Die Stoffklasse wird entsprechend der Seitenkettenlängen weiter unterteilt. Benutzt man den Name "Ubichinon" zur Bezeichnung der Stoffklasse so wird durch Angabe der Anzahl an C-Atomen im Index weiter unterschieden. Bei Benutzung des Synonyms "Coenzym Q" gibt der jeweilige Index die Zahl der Isoprenreste an. Das Coenzym Q 10 (=Ubichinon 50) besitzt dementsprechend 10 Isoprenreste und 50 C-Atome.
Die Struktur der Ubichinone ähnelt den Vitaminen E und K.
Ubichinon wird in den Mitochondrien aus Phenylanalin bzw. Thyrosin, Methionin und Mevalonsäure synthetisiert. Die mangelhafte Bereitstellung eines dieser Stoffe (bei Stoffwechselstörungen wie Phenylketonurie, bei Protein- und Vitaminmangel) wird die Synthese gehemmt.
Die Vitaminstruktur der Ubichinone ist bislang noch umstritten, sie zählen jedoch zweifelsfrei zur Gruppe der "bedingten" Vitamine.
Ubichinone mit anderer Kettenlänge als das Coenzym Q 10, werden in der Leber größtenteils in letzteres umgewandelt.